Los alimentos ecológicos son aquellos en cuya producción no se han utilizado sustancias químicas de síntesis (pesticidas, herbicidas, abonos, etc.), sino solo seres vivos o productos de seres vivos.
Actualmente, la mayoría de los productos ecológicos son agrarios: verduras, frutas, aceite, etc. La agricultura ecológica no solo persigue obtener productos más sanos y naturales, sino también cuidar el suelo, ya que muchas de sus técnicas lo enriquecen (por ejemplo, el uso de materia orgánica como abono o la utilización de agentes vivos como lombrices, hongos, etc.).
Se denominan organismos genéticamente modificados o, vulgarmente, «transgénicos» aquellos seres a los que se les ha alterado el material genético, con el objeto de conseguir mejores cualidades.
La Unión Europea autoriza la comercialización de organismos transgénicos como componentes de los alimentos solo tras haber superado un exhaustivo proceso de evaluación y haber demostrado su inocuidad para la salud y el medio ambiente. Es obligatorio que en la etiqueta de estos productos se mencione que proceden de organismos genéticamente modificados.
No obstante, a pesar de todos estos controles, algunos científicos sostienen que cambiar un organismo puede hacer que mejoren algunas de sus cualidades, pero también que podría dar origen a la aparición de mutaciones que promovieran la síntesis de sustancias tóxicas, cancerígenas, etc. Por ello, el uso de estos alimentos aún no está muy extendido.